為臺南市區鐵路地下化計畫推動，在維持臺鐵安全營運下，交通部鐵道局採先建後拆方式，於109年5月開始施工，已於109年11月完成臨時後站結構及跨站天橋鋼構吊裝作業，目前正進行裝修、電梯安裝及機電施工，預定今(110)年2月底施作完成，依規定完成啟用前各項檢查後，將會同臺鐵局報請交通部同意啟用，期能全面展開臺南車站地下化工程施工。
現有臺南後站及人行地下道因配合新車站主體工程施工需拆除，新建臨時後站及跨站天橋以維持車站營運及前後站旅客進出動線。臨時後站位置調整至現有後站之南側，前鋒路側局部路面邊線、車道線、設施標線重新繪設，增設大門前鋒路人行穿越道及交通號誌，並維持現況計程車排班區營運及增設機車、小客車臨停區。啟用後一般民眾(非搭車旅客)跨站動線之通行，援用高雄車站模式，以持臨時票證方式經由跨站天橋進出前後站。
臺南臨時後站及跨站天橋啟用後，將提供更佳的軟、硬體設施，並配合使用至臺南鐵路地下化工程完成，不僅能讓搭乘火車乘客更便利舒適，跨越前後站之跨站天橋，亦能讓站外民眾利用此天橋穿越臺南車站前後區域，提供民眾更優質的通行動線。
